Die Kaserne wird am 28. Februar 1940 durch das Ersatz-Bataillon des Eisenbahn-Pionier-Regiments Nr. 68 unter dem Kommandeur Major Engelbrecht mit rund 1.000 Pionieren übernommen. Zwei Monate später wird das Ersatz-Bataillon in das Eisenbahn-Pionier-Regiment 3 umbenannt. Dessen Aufgaben besteht damals darin, große Eisenbahn-Pionier-Parks mit Gleisanschlüssen und Sonderbahnhöfen innerhalb der Kaserne sowie an Main und Kinzig anzulegen. Ab diesem Zeitpunkt wird die Hanauer Kaserne „Pionier Kaserne“ genannt.